Ο κατά κόσμον Αναστάσιος Κεφαλάς γεννήθηκε στη Σηλυβρία της Θράκηςτο 1846. Τα πρώτα γράμματα τα έμαθε σε ηλικία 14 ετών μετέβη στην Κωνσταντινούπολη, όπου εργάστηκε ως υπάλληλος. Τις ελεύθερες ώρες του μελετούσε τα Πατερικά κείμενα και εκκλησιαζόταν τακτικά. Στη συνέχεια εργάστηκε ως παιδονόμος.

Σε ηλικία 20 ετών, διορίσθηκε δάσκαλος στο χωριό Λίθιο της Χίου, στο οποίο παρέμεινε για επτά χρόνια. Ο πόθος του για τη μοναχική ζωή αύξανε μέρα με την μέρα και στις 7 Νοεμβρίου 1876 εκάρη μοναχός με το όνομα Λάζαρος στη Νέα Μονή της Χίου. Το όνομα Νεκτάριος το έλαβε κατά τη χειροτονία του σε διάκονο (15 Ιανουαρίου 1877) από τον μητροπολίτη Χίου Γρηγόριο.

Το 1904 ίδρυσε στην Αίγινα τη γυναικεία Μονή της Αγίας Τριάδος, στην οποία και εγκαταβίωσε μετά την παραίτησή του από τη Ριζάρειο το 1908. 

Τον Νοέμβριο του 1920, ο  Νεκτάριος άφησε την τελευταία του πνοή και ενταφιάστηκε στη Μονή της Αγίας Τριάδας.